El COE se crea como un órgano de carácter técnico, con carácter transversal, aglutinador, no excluyente, y que asumirá funciones de interés general para la ornitología de la CAPV y que no puedan o deban ser asumidas por ninguna entidad en particular.

Asimismo, el COE no asumirá funciones que de manera regular ya sean desarrolladas por otras entidades y que de manera clara y evidente pudieran entrar en conflicto con estas (por ejemplo, trabajos de gestión y estudio de impacto ambiental, censos y programas de
seguimiento o trabajos de investigación).